Over de precieze oorsprong van de Mojito bestaan meerdere verhalen.
Een vaak verteld verhaal verwijst naar de 16e eeuw en naar de bemanning van
Sir Francis Drake, die ruwe aguardiente
drinkbaarder zou hebben gemaakt met citrus, suiker en kruiden.
Historici gebruiken daarvoor vaak de naam El Draque,
een drank die vaak wordt gezien als voorloper van de Mojito. Het precieze Drake-verhaal blijft lastig hard te bewijzen,
maar het idee van aguardiente met limoen, suiker en munt past wel bij de vroege koloniale context.
Wat wel duidelijk is: citrus, suiker en kruiden werden in die tijd geregeld gebruikt
om sterke drank aangenamer te maken. Dat praktische gebruik past goed bij de vroege
geschiedenis van de cocktail, zonder dat het hele verhaal op één moment hoeft te zijn ontstaan.
Van de scheepswanden verspreidde de cocktail zich naar de
suikerrietvelden van Cuba,
waar het de favoriete drank werd van de arbeiders. In de loop
van de tijd vond het zijn weg naar de chique bars van Havana.
Ook over de naam Mojito is geen volledige consensus.
Sommigen leggen een verband met mojo, de Cubaanse saus,
anderen met woorden rond vocht of mengen. Zeker is vooral dat de cocktail diep in de Cubaanse eetcultuur is verankerd.